影响微生物西扒皮染色除与菌细胞结构及其外膜的通透性、膜孔的大小及细胞结构的完整有关外，还与培养基的组成、细胞的菌龄、染色液中的电解质量、pH、温度、药物的作用等有关。

         微生物学使用的染料都是很有苯环的有机化合物，含有色基与助色基。一种染料不仅含有色基，还必须具有使该化合物以电离特性的助色基。助色基不是产生色泽的原因，其作用仅是使该化合物能构成盐的性质，助色基本身能够解离，解离后的染料可与被染物结合、着色。助色基的性质，决定染料是酸性或是碱性。碱性染料常用氯化物、硫酸盐、醋酸盐、草酸盐等，电离后染料带阳电；酸性染料通常为钠盐、钾盐或铵盐，电离后染料带阴电。常用的碱性染料有亚甲蓝（美蓝）、甲紫、碱性复红、中性红、沙黄、孔雀绿等；常用的酸性染料有酸性复红、曙红、刚果红、苦味酸等。

         碱性染料与酸性染料的结合物称中性染料，也称符合染料，如瑞氏染料、姬姆萨染料，常用组织细胞染色。

         还有一些染料如苏丹类染料，化学亲和力低，不溶于水，可溶于脂溶剂中，适用于脂肪染色。